鉴于企业高管人员的特殊性，在实践操作中更多的是代表雇主行使管理者的职责，笔者也赞同将其在劳动关系中排除，亦或部分的适用劳动法律相关规定，但这有待于我国相关法律法规的完善。那么在现有法律规定下，企业也并非束手无策，可以从以下几个方面完善内部的相关制度：
（一） 针对高管加班问题：
1）、申请不定时工作制。按照相关法律规定，高级管理人员可以适用不定时工作制，但必须向劳动和社会保障局申请。即只有通过劳动和社会保障局审核批准，方可实行不定时工作制，否则高管人员并非可以理所当然的免费加班。
2）、应建立合理的考勤制度，并且应避免高级管理人员自己为自己考勤的现象。对于未申请不定时工作制的高管人员，其考勤应区别于普通员工；即使实行不定时工作制的员工，法定节假日加班依然要支付加班费，因此应在法定假日加班方面加强管理，如设定报批制度等。
3）、约定加班工资计算基数。按照《上海市企业工资支付办法》相关规定，加班工资计算基数可由双方协议约定，针对高管人员，特别是高薪人士，约定加班工资计算基数是非常必要的。
（二）针对高管薪酬问题：企业主要应从完善劳动合同管理和财务制度管理两个方面着手。从上海市目前司法实践来看，对于高管的薪酬主张是从严掌握的，“企业现任法定代表人或负责人向企业主张薪酬的，由于存在身份上的重合，劳动争议处理机构均不应受理。法定代表人或负责人不再行使职权时，要求企业支付薪酬的，可以受理，但仍应慎重审查其请求……企业高级管理人员要求企业支付高额薪酬主张不成立时，其工资待遇可参照本市相同或相近行业职工平均工资标准予以确定，本市相同或相近行业没有职工平均工资标准的，可参照本市职工平均工资标准予以确定”。
（三）针对高管离职的经济补偿金问题：依据现有法律规定，经济补偿金的支付限于双方协商一致解除、用人单位过错解除、裁员，依据员工在本单位的工作年限，一年补偿一个月，经济补偿金的计算基数一般按照员工解除前十二个月月平均工资。依据上海市高院最新审判精神，计算经济补偿金的工资性收入为员工应得工资，这对于企业而言更为不利。《劳动合同法》三读稿的修改，为这一问题的解决带来了新的思路。
《劳动合同法》（三审稿）“经济补偿按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。不满一年的按一年计算。”“劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平行工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。”“本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月平均工资”。