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1.考核制度落后。目前我国对业绩考核大多数仍然采用着传统的目标考核法。比较系统化的考核方法有1999年财政部等部委联合颁布了适用于国有大中型企业的《国有资本金效绩评价体系》和2002年2月颁布的《企业绩效评价操作细则(修订)》。但这些评价系统和其他多数考评体系共同的缺点是并没有考虑到因为采用目前投资项目而放弃其他项目可获得收益，即机会成本的概念。此外由于产业不同，地域不同造成的考评指标之间的横向可比性差，仅根据绝对量考核指标无法实际考评出经营者的个人能力和工作努力程度。而在纵向方面，由于目前我国市场经济中存在大量的不可控因素，这些因素都会影响到考核的结果，而这些结果并非都是由于经营者本身造成的，据此对经营者进行考评有失公允，容易造成奖罚不明的局面。这与我们建立激励制度的目的和初衷是不一致的。
2.企业管理制度不合理。我国资本市场上国有企业占大多数，而国有企业的资本主体缺位，政企分开不彻底等现象，使企业经营缺乏有效的监理，易导致"内部人控制"现象。关于国有企业的管辖权我国一般归属于国资委或国家委派的其他部门，但由于国有资产过于庞大而一个国有资产管理部门往往管辖为数众多的企业，且受自身专业、人员配备等客观条件限制，导致对国有企业的管理基本上流于形式，无法起到应有的作用。在民营企业方面也容易出现大股东和经营者合谋，出现自定标准，自我考核，自我激励的现象。此外还存在着公司治理结构不健全、监事会等监督机构难于起到应有的作用等问题。
3.管理人员薪酬比例不合理。在我国企业界，管理人员的基本薪酬在全部薪酬中占绝大部分，缺乏中长期激励，采用了股权激励等长期激励方法的不多。与国外发达国家相比，长短期薪酬激励比例失调情况严重，在这种情况之下，管理人员在面临公司短期和长期利益抉择时，往往会侧重于短期能为自身带来更多利益的决策。
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