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就目前我国工程项目成本核算的实际情况来看，依然存在着很多的问题，主要表现在以下几个方面：
第一，现行的会计核算制度有待进一步完善。就目前我国的建筑行业市场环境而言，建筑施工企业的规模及技能水平参差不齐，企业的成本核算等基本制度还不够完善，实际运用中显得捉襟见肘。不健全的成本核算制度导致建筑企业的实际成本开支无法得到有效控制，对建筑施工企业造成了很大的影响。
第二，需核算成本的项目确定问题。一般而言，建筑工程项目应当正确设置具体的成本项目，但调查显示，在实际的操作过程中却容易出现概念不清的现象。以建筑企业施工中的直接人工费项目为例，建筑企业施工中的直接人工费项目主要包括直接进行建筑施工的工人工资以及运输工人的工资等，一般不包括采购员、机械操作员以及搬运和装卸员的工资。但就实际情况而言，往往将他们的工资也列入直接人工费项目之下。
第三，工程项目成本核算中的程序问题。根据我国现行《企业会计制度》中的相关规定，建筑施工企业应严格按照工程建设合同准则办事，并在施工会计期末对合同的收入与费用进行确认。由于建筑工程项目成本核算的复杂性，在实际工作中很难按照预定的程序进行成本核算，从而使成本核算表现出很大的随意性。这种只是流于形式的成本核算程序，根本无法实现成本管理的目标。
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