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1.内部控制制度设计的不完善
风险治理重视不够。现行的内部控制设计主要以事项、流程为基础，遵循业务的角度，偏重于日常经营治理的遵循，保证制度的遵循性和行为的规范性，主要以监督机制为主。
公司治理结构不合理。内部控制的设计一般是治理者针对企业的经营过程和企业的状况而设计的，而由于“经济人”的特性，企业的经营治理者在内部控制的设计过程中难免会给自己留有一定的操作空间，以便寻求最大化的利益而忽视了投资者的需求。
忽视了“软控制”的作用。内部控制的设计过分地强调刚性的政策、程序等技术问题，而忽视了人在内部控制中的作用，因为人在内部控制中既是控制的主体又是控制的客体，内部控制的设计未能充分考虑人的主观能动性以及人的道德、观念、态度、风格等，如此设计的内部控制不能充分调动员工的积极性，甚至会导致员工产生抵触情绪，不利于内部控制作用的发挥。
2.企业缺乏专业的内部控制设计人员
目前大多数企业已经意识到了内部控制的重要性，所以急于建立和完善企业的内部控制制度体系，以增强企业的竞争能力。但是企业内部缺乏专业的人员，对内部控制制度体系进行构建。所以大多数企业选择聘请国内外的专家，为企业设计构建内部控制制度体系。然而内部控制制度的构建并不是一个通用的模板，而是需要结合企业自身的特点，从而最终为企业的经营目标服务的。
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