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通过以上几个步骤，税务稽查人员基本上掌握了被稽查单位内部控制制度的状况，并发现了内部控制制度存在的控制缺陷和弱点。在此基础上，经过对发现问题的分析，就可以对内部控制制度的健全性作出评价了。
(1)税务稽查人员应分析有无相应的补偿措施能够全部或部分地抵消控制缺陷的影响。如严格的出门审计制度可以在相当程度上避免因无关人员接触库存商品而可能产生的库存商品失盗问题等。补偿性控制既可能是税务稽查人员认为比较理想的内部控制制度中的一部分，也可能是被稽查单位自行采用的特殊的控制方法。税务稽查人员应认真辨别有无补偿性控制措施，并充分说明这些措施能否全部或部分地抵消控制缺陷的影响。
(2)在确定控制缺陷可能没有或不能全部得到补偿之后，税务稽查人员应进一步分析这些缺陷可能导致的错弊的性质以及对财务信息影响的重要程度。如会计记录之间没有定期进行核对，就可能导致会计记录的错误，这对财务信息的正确性而言无疑是十分重要的。在分析控制缺陷的影响时，税务稽查人员应特别注意研究控制缺陷之间相互联系的影响。例如在调查中发现销售业务系统中无论是销售部门还是财务部门都没有审查销售发票这项控制制度。孤立地看，销售部门未进行审批的缺陷可能会在财务部门审核中得到补偿，但由于财务部门也未进行审核，这就可能使整个销售业务失去控制，从而极可能导致隐匿销售数量从中贪污的严重弊端。因此，税务稽查人员要注意把各项控制缺陷联系起来进行分析。
(3)在全面分析内部控制缺陷的基础上，税务稽查人员可进而对内部控制制度是否健全作出判断和评价。
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