独生子女按照每月1000元的标准定额扣除。
法律依据：《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第五条，纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。 学历教育包括义务教育（小学、初中教育）、高中阶段教育（普通高中、中等职业、技工教育)、高等教育（大学专科、大学本科、硕士研究生、博士研究生教育）。 年满3岁至小学入学前处于学前教育阶段的子女，按本条第一款规定执行。
法律知识延伸阅读
个人所得税一般是由公司代缴的，每个月工资先减去每月应缴纳的五险一金，再减去个税免征额度3500元，以上所得的数额乘以所适用的税率，在减去数算扣除数，最终所得的数额即为个税。
网上办独生子女证程序： 1、搜索并进入卫生和计划生育委员会。 2、在选择“生育服登记”之后再点击右边的“生育登记服务”。 3、点击最下面有个网址。 4、选择“登记预约”
一般是不会扣除工资，除非有特别约定违约责任