公司之间的借款协议中能设定担保条款。担保的方式可分为一般保证和连带责任保证，采取哪一种由当事人自行约定，当事人对保证方式没有约定或者约定不明确的，承担连带保证责任。
法律依据：《民法典》第六百八十六条，保证的方式包括一般保证和连带责任保证。当事人在保证合同中对保证方式没有约定或者约定不明确的，按照一般保证承担保证责任。 （《民法典》生效时间为2021年1月1日）。
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