因为工程款与质量责任是两个不同性质的款项，乙方施工完毕后如果经过竣工验收或交付使用，那么甲方应该支付工程款。 至于工程质量问题，属于甲方另行主张的权利。何况经过了竣工验收的工程，乙方承担的是质量问题的修复责任；交付的工程，乙方只对主体结构的质量问题承担责任。这些都需要甲方证明。 如果工程没有经过竣工验收，也没有交付，甲方扣款不承担违约责任。因为甲方有权不支付工程款，或者属于支付工程款条件不成就。
法律依据：根据《建设工程司法解释二》第14条规定：当事人对工程造价、质量、修复费用等专门性问题有争议，人民法院认为需要鉴定的，应当向负有举证责任的当事人释明。 当事人经释明未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料的，应当承担举证不能的法律后果。
法律知识延伸阅读
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甲乙丙三方出资一样，占股一样）甲方和乙方在认为丙方不能诚实履行受托义务时，有权随时依法解除对丙方的委托，并有权要求丙方将代持股权无条件的分别过户给甲方和乙方或甲方和乙方
甲方违约了的，一方想解除合同的行使自己的解除权即可解除合同，行使解除权时需要通知甲方，合同自通知到达对方时解除；通知载明债务人在一定期限内不履行债务则合同自动解除，债务
签订合同的一方违约的，另一方可以要求对方承担违约责任。可以先与对方协商处理，如果协商不成的，可以向法院起诉要求对方承担违约责任。我国法律规定，当事人一方不履行合同义务