专利权的保护方式包括协商、调解和诉讼三种，只有协商是由权利人和侵权行为人两方参与其余两种保护途径都是有第三方参与的，如果是专利权人主动提起诉讼的，应当由起诉方先在起诉时主动缴纳一定的诉讼费用，如果是不缴纳的，人民法院有权不受理。
法律依据：《专利法》第六十条 未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
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