工程款纠纷三年内可以起诉。诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。 拖欠工程款纠纷起诉流程如下： 1、提交诉状申请立案。 2、法院发出受理通知。在法院立案之后，人民法院会对债权人发出受理通知。 3、法院组织双方交换证据、被告递交答辩状。债权人和债务人交换双方的证据，债务人就债权人的诉求作出应答。 4、开庭审理。上述程序进行完之后，双方只需等待开庭，然后参与审判即可。 5、宣布判决结果。有可能是当庭宣判，也可能是择日宣判。 6、判决生效，执行。起诉前进行财产保全，有利于维护权益，有利于执行。 《民法典》 第一百八十八条??向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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合同违约金过高的，如果一方当事人申请降低的，法院会判决适当降低。超出造成的损失30%的认定为违约金过高，即约定的违约金数额在超过实际造成的损失30%以内都视为合理不算过高
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