驾驶摩托车有驾驶证违章不会影响C1机动车驾驶证，无证驾驶摩托车属于驾驶与驾驶证不符合的机动车，扣机动车驾驶证12分，按照公安部123号令规定，驾驶证在一个周期内违章扣分满12分，驾驶证会被暂扣。
法律依据：交通法规扣分细则第五十六条 机动车驾驶人在机动车驾驶证的六年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发十年有效期的机动车驾驶证;在机动车驾驶证的十年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发长期有效的机动车驾驶证。
法律知识延伸阅读
双方事故并且有人伤，需要交警部门认定事故责任。根据是否承担责任进行赔偿。 1、摩托车有责，不论责任比例大小，摩托车保险公司在2000元以内赔偿损失，保险公司在以下限额赔偿摩
1、闯红灯要扣六分还要罚款。 2、机动车闯红灯一次记6分，罚款200元。如果车辆在红灯时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，交管部门不会对其进行处罚，但如果过线后还有明显的位置
1.由开车的人来处理，谁违章，谁处理。谁拿驾照去处理就扣谁的分，跟车主是谁没关系，如果是别人开自己的车闯的红灯，让开车的人拿自己的驾照去处理。 2.《中华人民共和国道路交通安