如果合同没有特别约定，经双方协商一致签订的补充协议就与主合同具有同等的法律效力，其实实际操作上，“补充协议”的效力往往高于主合同。 当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。 严格而言，合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。 因此，在签订时要特别注意以下三个问题： 1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致； 2、补充协议的形式应当与原合同一样完备； 3、严格防止与原合同发生内容矛盾。
法律依据：《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
法律知识延伸阅读
满足以下条件的合同是有效合同： 1.订立合同时，当事人双方都具有相应的民事行为能力； 2.双方在订立合同时意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形； 3.合同的内容不违反法律、行政法
（一）代理民事、经济、行政案件 (1)基层法律服务机构代理民事、经济、行政案件的调解、仲裁、诉讼，不涉及财政产关系的800—4800元/件; 涉及财产关系的除收取800—4800元/件外，
经过法院判决的合同是否有效，要看判决书的判决。 法院的判决书应当写明判决结果和作出该判决的理由。判决书内容包括： (一)案由、诉讼请求、争议的事实和理由; (二)判决认定