公诉人证据链残缺的情况下法院不会判定有罪。 根据法律规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。 证据确实、充分，应当符合以下条件： (一)定罪量刑的事实都有证据证明; (二)据以定案的证据均经法定程序查证属实; (三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
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