有限公司申请破产清算清算的是公司的实际资产。公司申请破产的，会成立清算组对公司的实际财产进行清理，并分别编制资产负债表和财产清单。清算后所得的财产会用来缴所欠税款以及清算过程中产生的税款还有公司所欠债务。
法律依据：《公司法》第一百八十三条，公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
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