离职时被老板恶意扣工资，劳动者可以协商解决，协商不成可以申请劳动仲裁。
法律依据：《劳动合同法》第八十五条，未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任， 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： （一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的； （二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的； （三）安排加班不支付加班费的； （四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
法律知识延伸阅读
用人单位不发工资的，劳动者可以向以下部门主张维权： 1.向劳动监察大队投诉。用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应
试用期内，员工自离有工资。 劳动者在试用期七天自动离职的，用人单位是应当支付其工资的，如果用人单位拒绝支付其工资的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳
对债务人恶意转移财产逃避执行的，债权人可以向法院提起撤销权诉讼，请求法院撤销债务人的民事行为，法院即可执行第三人返还的财产。债权人可以在知道或者应当知道之日起1年行使