员工紧急离职，用人单位扣工资的行为不合法。劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。单位应当为员工办理离职手续。但如果员工没有提前通知，单位也不能因此扣发员工工资。
法律依据：《违反有关劳动合同规定的赔偿办法》第四条 劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失： (一)用人单位招收录用其所支付的费用； (二)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理； (三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失；(四)劳动合同约定的其他赔偿费用。
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