一个公司克扣员工工资，劳动者可以先与用人单位进行协商，要求用人单位说明扣工资的原因，证明是克扣工资后，向当地的劳动行政部门投诉；可以向有关调解组织申请调解；也可以依法向有管辖权的劳动仲裁委员会申请仲裁。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议仲裁调解法》第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。 《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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