发生建设工程施工合同纠纷可以这么处理： 1、当事人可以通过和解或者调解解决合同纠纷。 2、当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。 3、当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。
法律依据：根据《民事诉讼法》第3条规定：人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
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