基本农田和基本农田保护区有密切联系：基本农田和基本农田保护区同样都是主要由耕地构成，都要实行严格保护，基本农田一般都位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地绝大部分都属于基本农田。同时，二者又有区别：基本农田是地块概念，必须落实到具体地块，一般由乡镇土地利用总体规划具体落实，划定到地块;基本农田保护区则是区域概念，基本农田保护区内以基本农田为主，但并非都是基本农田，除了基本农田外，还可能有少量零星的一般耕地、其他农用地、建设用地、未利用地等，基本农田保护区一般由县市级土地利用总体规划确定。
法律依据：《国土资源部办公厅关于印发市县乡级土地利用总体规划编制指导意见的通知》 县级土地利用总体规划，应结合土地用途区确定，划定基本农田保护区;乡级土地利用总体规划，应将县级规划划定的基本农田保护区进一步落实到地块。
法律知识延伸阅读
不能，这样算是改变土地使用性质，私自改变土地使用性质，根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条和第七十七条的规定，属非法占地违法行为，对于这类违法行为，一般采用责令拆除
可以。基本农田不可以。根据《基本农田保护条例》第二条国家实行基本农田保护制度。本条例所称基本农田，是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总
占用基本农田，没有条件开垦的，应缴纳征收该地的土地补偿费2倍的耕地开垦费；开垦的耕地不符合要求的，应缴纳征收该地的土地补偿费1倍以上2倍以下的耕地开垦费。