(1)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。 (2)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。
法律依据：《刑事诉讼法》第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪： (一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的; (二)犯罪已过追诉时效期限的; (三)经特赦令免除刑罚的; (四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的; (五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的; (六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
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