工伤认定申请超时的处理办法是用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
法律依据：《工伤保险条例》第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。 用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。 按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。 用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
法律知识延伸阅读
工伤六级伤残的赔偿是： 1.从工伤保险基金按伤残等级支付一次性伤残补助金，标准为六级伤残为16个月的本人工资； 2.保留与用人单位的劳动关系，由用人单位安排适当工作。难以安排
根据《工伤保险条例》第四十二条之规定，工伤职工有下列情形之一的，停止享受工伤保险待遇： 1、丧失享受待遇条件的; 2、拒不接受劳动能力鉴定的; 3、拒绝治疗的; 4、被判刑正在
按照《诉讼费用缴纳办法》谁主张谁负担的原则，由举证方支付的鉴定费用，仅仅指在诉讼过程中由举证方先垫付，如果最后确定责任在于哪方则人民法院在案件审结后会在裁判书中确定