检察院两次退侦案件后会按照不起诉处理。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。 在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。 对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
法律知识延伸阅读
批捕是要通知公安机关而不会通知家属的。但是逮捕后会通知家属。逮捕后，应当立即将被逮捕人送看守所羁押。除无法通知的以外，应当在逮捕后二十四小时以内，通知被逮捕人的家属
公诉案件法院退卷后可以延期审理，但是也需要符合流程规定。 法律依据： 根据《刑事诉讼法》第二百零四条，在法庭审判过程中，遇有下列情形之一，影响审判进行的，可以延期审理： （一）需要
检察院作出不起诉决定，虽然意味着刑事诉讼的终结。但是如果存在被害人的案件，被害人不服的，还可以向检察院申诉，请求提起公诉，还可以不经申诉，直接向法院起诉。另外，公安机关如果