拖欠运费的处理办法是：对于运费支付的纠纷，当事人可以协商解决，协商无法解决的，可以依法向人民法院起诉，请求人民法院依法判决当事人按约定及相关法律规定支付运费，如对方拒不支付运费，还可以向法院申请强制执行。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第三条规定：人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
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