民事纠纷案件当事人不同意调解，那只能走诉讼程序。 当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，可以申请再审。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零一条当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，可以申请再审。经人民法院审查属实的，应当再审。
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