只是非法拘禁三个小时不能立案。 国家机关工作人员涉嫌利用职权非法拘禁，具有下列情形之一的，应予立案： 1、非法拘禁持续时间超过二十四小时的； 2、三次以上非法拘禁他人，或者一次非法拘禁三人以上的； 3、非法拘禁他人，并实施捆绑、殴打、侮辱等行为的； 4、非法拘禁，致人伤残、死亡、精神失常的； 5、为索取债务非法扣押、拘禁他人，具有上述情形之一的； 6、司法工作人员对明知是无辜的人而非法拘禁的。 在对国家机关工作人员实施的非法拘禁行为是否构罪上，有一个“度”的规定，只有超过了这个度，才追究其刑事责任。国家机关工作人员因为其身份的特殊性，法律对其的要求比一般群众要严。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第二百三十八条 非法拘禁他人或者以其他方法非法剥夺他人人身自由的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。具有殴打、侮辱情节的，从重处罚。 犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑;致人死亡的，处十年以上有期徒刑。使用暴力致人伤残、死亡的，依照本法第二百三十四条、第二百三十二条的规定定罪处罚。 为索取债务非法扣押、拘禁他人的，依照前两款的规定处罚。 国家机关工作人员利用职权犯前三款罪的，依照前三款的规定从重处罚。 《中华人民共和国刑法》第二百三十二条 故意杀人的，处死刑、无期徒刑或者十年以上有期徒刑;情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑。 《中华人民共和国刑法》第二百三十四条 故意伤害他人身体的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。 犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑;致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。本法另有规定的，依照规定。
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