发生运输合同纠纷的处理方法： 一、协商：当事人自行协商解决合同纠纷，是指合同纠纷的当事人，在自愿互谅的基础上自行解决合同纠纷的一种方式。 二、调解：合同纠纷的调解，是指双方当事人自愿在第三者（即调解的人）的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，由第三者对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷的活动。 三、仲裁：即由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条款或自愿达成的仲裁协议，按照法律规定对合同争议事项进行居中裁断。 四、诉讼：如果当事人一方不愿仲裁，则不能采用仲裁的方式、而只能采用诉讼的方式来解决双方当事人之间的争议。所以，诉讼是解决合同纠纷的最终形式。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。
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