工程质保金可以扣的方式是： 1、逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留； 2、一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。法律依据《建设工程质量保证金管理暂行办法》第三条，发包人应当在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同条款中对涉及保证金的下列事项进行约定： （一）保证金预留、返还方式； （二）保证金预留比例、期限； （三）保证金是否计付利息，如计付利息，利息的计算方式； （四）缺陷责任期的期限及计算方式； （五）保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序； （六）缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式； （七）逾期返还保证金的违约金支付办法及违约责任。
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