在我国允许土地使用权与房屋所有权分离的情形存在，因此，你想要的协议是可以写的。这里可以给你一个协议的框架：土地房屋协议书（协议的名字）。第一条，写清楚房屋的座落位置、四邻以及用地面积、建筑面积、层数，必要时可以附图。第二条，写明房屋建成时间、投资情况。第三条，写明房屋所有权归妹妹和妹夫，土地使用权归你，并写明相关证件办理的责任及费用承担。第四条，写明如果将来房屋拆迁，那么房屋的补偿安置属于妹妹、妹夫，宅基的征收补偿安置属于你。其余的就是写明本协议一式两份，双方各执一份，协议于双方签字（按印）时生效，并签名、按手印，等。需要另外说明一点，因妹妹在本村结婚，户口不迁走，因此，妹妹结婚后符合分户的条件，这样，妹妹是可以单独申请宅基地的。
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