工伤复发休养扣不扣奖金由单位决定，但执行停工留薪。工伤复发二次住院应该和第一次治疗工伤一样，要确定停工留薪期，在停工留薪期内原工资福利待遇不变，由单位按月支付。至于奖金这一块，属于单位自负盈亏的自主决定事项，法律并没有硬性的规定，由单位根据实际情况确定。
法律依据：《工伤保险条例》第三十八条 工伤职工工伤复发，确认需要治疗的，享受本条例第三十条、第三十二条和第三十三条规定的工伤待遇。
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