当甲方扣除乙方违约金的数额过高的时候，乙方可以请求人民法院或者仲裁机构适当的减少。违约金的支付要结合造成的实际损失，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
法律依据：《民法典》第五百八十五条 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
法律知识延伸阅读
合同中没有约定违约金的情况下也是可以主张违约金的。 违约行为要支付违约金并不是以书面合同的约定为生效条件的，而是在民法典当中就有着明确的规定，如果其中一方不履行合同
1、夫妻双方可以在离婚协议，或者在夫妻财产协议中约定由各方承担各自的债务。 对于这种约定只对夫妻双方有效，对于第三人，除非是知道对方知道夫妻双方该协议的约定，否则，是不能
定金与违约金不可并用，只能够选择一个适用。签定金合同需要注意： 1、定金合同自实际交付定金时成立并生效； 2、定金的数额不能超过主合同标的额的百分之二十； 2、定金具有双倍