劳动者与单位协商解除劳动合同需要支付经济补偿金。《劳动合同法》规定，用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的需要支付经济补偿金。
法律依据：《劳动合同法》第四十六条，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿： （一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的； （二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的； （三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的； （四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的； （五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的； （六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的； （七）法律、行政法规规定的其他情形。
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协商解除劳动合同有的情形有两种。用人单位主动提出，并与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当支付劳动者经济补偿；劳动者因个人原因与用人单位协商解除的，不用支付经济补偿或赔