(一)案件来源不同 公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的;而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。 (二)犯罪性质和危害程度不同 公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小。 (三)审查程序不同 (四)当事人的诉讼权利不完全相同。 (五)当事人的诉讼地位不同 自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人则处于证人地位。 (六)当事人行使诉讼权利的时间不同。 (七)举证责任不同 自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担，公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。 (八)刑罚处罚的轻重不同 自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制;而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
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