1、产生原因不同。 股东代表诉讼是股东公司性权利因公司本身遭受到侵犯而间接受到损害，只有当公司因法定原因未起诉时，才可以由股东以自己的名义提起诉讼而股东直接诉讼的起因则是因为股东个人性权利受到侵犯。 2、诉讼目的不同。 在股东代表诉讼中，股东提起诉权的目的是为了公司的利益，但也间接地维护了自己的利益而在股东直接诉讼中，股东个人是侵害行为的直接受害者，股东行使诉权的目的是纯粹为了自身的利益。 3、诉讼被告不同。 股东直接诉讼诉讼的被告只能是公司、控股股东、公司实际控制人、董事、经理、监事和其他公司高级管理人员。 股东代表诉讼中的被告除了包括前述股东直接诉讼的被告外，还可以是损害公司利益的其他主体。 4、诉讼归属不同。 股东在代表诉讼中胜诉，则胜诉的利益应当归于公司。倘若股东败诉，则不仅由股东负担该案的诉讼费用，而且该案的判决对于公司产生既判力，其他股东不得就同一理由再次提起代表诉讼在股东直接诉讼中，股东所享有的形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是合一的，无论股东胜诉或者败诉，一切利益和不利益均归属于股东。
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