软件知识产权申请的方式：著作权人依法向中国版权保护中心提交书面申请书，并附软件的鉴别材料等材料；中国版权保护中心收到当事人的登记申请后，依法进行60日的审查；审查通过的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
法律依据：《计算机软件著作权登记办法》第八条，合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。 第九条申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料： （一）按要求填写的软件著作权登记申请表； （二）软件的鉴别材料； （三）相关的证明文件。
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