行政诉讼法保护公民的合法权益，主要包括两个方面的内容： 一、是通过赋予行政机关合法权限并监督其行使，来保障公民、法人或其他组织各项政治权利、经济权利和社会权利的实现； 二、是通过赋予公民、法人或其他组织对行为的监督权(如检举权、控告权)，行政权行使过程中的参与权(如知情权、要求听证权)，特别是对行政行为侵犯其合法权益的提起复议权、诉讼权和要求赔偿权，来保护自己的合法权益。
法律依据：《行政诉讼法》第一条，为保证人民法院公正、及时审理行政案件，解决行政争议，保护公民、法人和其他组织的合法权益，监督行政机关依法行使职权，根据宪法，制定本法。
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