民事合同纠纷处理的程序如下： 1、双方应先自行协商，就因合同履行过程中发生的纠纷进行磋商，协商一致的，达成调解协议； 2、协商不成的，应当按照合同中双方约定的仲裁机构申请仲裁解决，或者向约定的法院起诉，要求审理判决。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百七十七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
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