公司以不能胜任工作为由辞退员工的，员工不一定可以申请赔偿。如果对该员工进行了相关考核，该员工没有通过考核； 并且公司对其进行了专项培训或者进行调岗后，其仍不能胜任工作的，则此时公司将其辞退，该员工不能申请赔偿。 反之如果公司不满上述条件以不能胜任工作为由辞退员工的，则该员工可以申请赔偿，而且可以申请双倍赔偿，因为这属于公司违法解除劳动合同。
法律依据：《劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
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