如果用人单位仅仅以末位淘汰制作为依据或理由辞退员工，是不合法的。 但是如果在末位淘汰制下，员工与用人单位协商一致的、员工存在过失性或者无过失性辞退规定的情形的，用人单位辞退员工，是合法的。 也就是说，末位淘汰制不是法律规定的可以辞退员工的情形，必须要满足法定情形的，在末位淘汰制下辞退员工才是合法的。
法律依据：《劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
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