市区限速40开60不扣分。市区限速40开60，交通部门会给予警告，不会罚款扣分。因为限速低于60公里/小时的公路上超过规定车速50%以下的，未造成后果的，由公安交通管理部门予以警告。
法律依据：《关于规范查处机动车违反限速规定交通违法行为的指导意见》第五条第三款 驾驶机动车违反限速规定，属于以下情形之一，未造成后果的，由公安交通管理部门予以警告： （一）在限速低于60公里/小时的公路上超过规定车速50%以下的； （二）驾驶中型以上客货车、校车、危化品运输车在高速公路、城市快速路以外的道路上超过规定车速10%以下的； （三）驾驶中型以上客货车、校车、危化品运输车以外的机动车超过规定车速10%以下的； （四）驾驶机动车在高速公路上行驶低于规定时速20%以下的。
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