专项附加扣除的申报方式：由单位申报或者个人自行申报；由单位申报的，由单位按月发工资预扣税款时办理；个人办理的，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除。
法律依据：《个人所得税专项扣除暂行办法》第二十五条 纳税人首次享受专项附加扣除，应当将专项附加扣除相关信息提交扣缴义务人或者税务机关，扣缴义务人应当及时将相关信息报送税务机关，纳税人对所提交信息的真实性、准确性、完整性负责。专项附加扣除信息发生变化的，纳税人应当及时向扣缴义务人或者税务机关提供相关信息。前款所称专项附加扣除相关信息，包括纳税人本人、配偶、子女、被赡养人等个人身份信息，以及国务院税务主管部门规定的其他与专项附加扣除相关的信息。本办法规定纳税人需要留存备查的相关资料应当留存五年。
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