工程合同纠纷的诉讼时效是三年。诉讼时效的起算点根据纠纷的不同而有所不同，比如施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议的，诉讼时效自质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算。
法律依据：《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。 但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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