按照相关规定，校车中巴车超载50%，司机扣6分罚款500元的处罚。根据《道路交通安全法》第92条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下罚款：超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款。
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刑法规定主刑有：管制：期限为3个月以上2年以下，数罪并罚不得超过3年。拘役：期限为1个月以上6个月以下，数罪并罚不得超过1年。有期徒刑。期限为6个月以上15年以下，数罪并罚不得超过