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(1)制定合法有效的企业规章制度。应当制定合法有效的规章制度，建立健全加班审批管理制度，严格加班申请流程。确因工作需要进行加班的，应由所在部门将加班申请交人力资源部审核后，报公司总经理批准后才可以进行加班，规定员工非因特殊情况未经批准不得擅自在公司加班。要求员工充分利用规定的工作时间完成工作量，提高工作效率，严格控制加班。并核准员工加班工资，实行加班与绩效考核相挂钩的薪酬制度，尽量避免不必要的加班情况的发生。
(2)正确计算劳动者加班工资。在劳动合同中具体载明劳动者的工资数额，避免将来争议不清的状况。在发放工资时必须制定包含加班工资在内的工资对帐结算单，由员工亲笔签字后才能领取当月各项工资。这样做的好处是有效保存了相关证据，避免了以后员工随便追索加班工资情况的发生。
(3)利用调休取代休息日加班费。《劳动法》规定，“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。因此，如果用人单位安排劳动者休息日加班的，有权优先选择安排劳动者补休代替支付加班费。
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根据《工资支付暂行条例》员工违反公司管理制度，公司对其罚款处罚，合法吗？
HR法律网：《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中