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第一步，按会计、人事（员工）、行政（收发文、制度文件等）、技术等将文件分类。
第二步，将上一步每个分类再按年份分类，如2006、2007、2008、2009、2010。
第三步，第二步分类后的档案，如果数量不大，就按时间顺序编号排序，编制目录；如果数量较大，就根据档案类型再大致划分以下类别后，再按时间顺序编号排序，编制目录。
当然，国家、地方、行业都有各自的档案管理法则，不知道你的公司性质，提供一个贯通的办法。
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