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(1)确定被审计单位内部控制的标准。对企业的内部控制进行检查和评价前，必须汇集国家有关方针、政策、法律、制度以及单位的内部控制文件，结合本单位的实际情况，形成内部控制标准。内部审计根据这些标准对被审计单位的内部控制的现状进行检查和判断。
(2)检查、判断被审计单位内部控制的健全情况。检查被审计单位内部控制系统的现状，与事先确定的标准进行对照，确认内部控制的措施是否已经采用。对照发现的控制缺陷，加以纪录、归类、汇总，并说明控制缺陷可能产生的弊端以及对整个控制系统的影响。在分析控制缺陷的基础上，对被审计单位内部控制的健全性作出评价。
(3)测试被审计单位内部控制的有效性。测试内部控制有效性的方法主要采用定性的统计抽样检查。在抽样检查中，内部审计应当科学地选定具有代表性的测试样本，借以正确判断被审计单位内部控制的质量状况。
(4)写出内部控制的检查与评价报告。前三步程序完成以后，紧接着就是写出内部控制的检查与评价报告，提出具体的检查结论、意见、评价和建议，供单位最高管理层采纳，同时也要送交被审计单位的管理人员以改进内部控制。
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