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1.定义不同
2.职能不同
企业内部审计的基本职能是：运用专业方法，以独立的立场，对公司内部经营活动的各环节进行检查与监督，发现问题，揭露矛盾，提出建议。内部控制的基本职能主要是：选择合理组织形式，设置健全的组织结构，建立全面的内部规章制度，配置各层次的人力资源，实施先进的管理方式与手段。
3.直接目标不同。内部审计的直接目标：通过尽职尽责的审计检查监督工作，找出管理中薄弱环节或者漏洞，帮助公司管理层全方位的改进管理。内部控制的直接目标：帮助公司高级管理人员在开展公司业务过程中，实现控制过程有序、控制行为规范，实现公司利益最大化，并保证公司所有的活动都是在授权情况下进行的。
4.工作环节不同。内部审计的环节主要涉及：计划、检查、查阅、询问、分析和报告等。内部控制的环节则比较复杂，在5要素的公司内部控制制度中，主要环节：控制规划、控制制度、控制执行、控制检查、控制分析和控制改进等。
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