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方式上：内部控制检查可以任意的方式，简单、复杂的都可以。内部控制审计必须按照一些列标准的流程来进行，一般参考国际内部审计标准，IIA的那套。
输出结果上：内部控制检查可以任何形式的检查报告，可以说几个问题的或者任意形式的报告。内部控制审计，除了报告外，还必须有工作底稿、抽样标准、样本记录等一些列输出结果。
主体上：内部控制检查，一般都是管理层或者监管机构来做的。内部控制审计，一般有内部审计部门、或者特定的外部审计来完成
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法律知识延伸阅读
HR法律网： (1)确定被审计单位内部控制的标准。对企业的内部控制进行检查和评价前，必须汇集国家有关方针、政策、法律、制度以及单位的内部控制文件，结合本单位的实际情况，形成
HR法律网： (l)对企业内部控制制度的建立和执行情况的检查和考核，在此基础上，对内部控制中存在的缺陷和问题提出改进建议。 (2)对执行内部会计控制成效显著的单位、机构和人员