1、停薪留职后档案一直在单位的，仍然存在劳动关系。停薪留职是指暂停发放薪水，但劳动者在单位的工作职位仍然予以保留，其与单位之间的劳动关系继续存续。 2、法律依据：《关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条 用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立。 （一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格； （二）用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动； （三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
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