房屋确权一般由不动产所在地人民法院管辖，部分情况下也可以由被告户籍地或居所地法院管辖。当事人还可以自行协议约定管辖法院，发生房屋确权纠纷时根据合同中约定的法院提起诉讼。
法律依据：《民事诉讼法》第三十三条 下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖： （一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖； （二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖； （三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。 第三十四条 合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
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管辖权异议的提出时间，应当在提交答辩状期间提出，即为被告收到起诉状副本之日起15日内。结合实践中的做法，一般应以书面形式提出，因为此时案件尚未进入实体审理，口头答辩及提出