1、直接计算损失法 即在能够直接计算权利人损失数额的情况下，直接计算权利人在被侵权期间损失利润的方法。可采用对比分析法，比较侵权期间的上一年度，权利人相同时间段、相同生产量条件下的获利，利润的缩减量是其侵权期间的直接经济损失。 这种方法主要运用于市场行情相对稳定，权利人生产、经营处于连续状态，生产、经营状况的记载资料齐备，企业没有处于破产或者倒闭等情况。但是这种方法在实践中比较难确定侵权和损失间的因果关系。 2、计算侵权人获利法 即在不能确定权利人因为侵权行为造成损失的数额，但侵权人侵权获利的数额能够确定的情况下，将侵权人获利的数额作为权利人损失的数额的方法。可以以销售收人减去销售成本等于销售利润，予以计算，也可以采用销售额乘以平均利润率计算。但该方法需要比较好的诉讼策略和证据利用技巧。 3、成本计算法 即审计核算权利人研究、开发、保护商业秘密投人的费用，并将其作为被害人的损失数额的方法。 这种方法主要适用于商业秘密在行业内或者社会上广为扩散，致使权利人研究、开发的技术信息和经营信息完全丧失秘密性，使这种技术信息或者经营信息完全失去或者基本失去了作为商业秘密的价值的情况。但是，如果侵权人只是自己使用其非法获取的商业秘密，或者权利人的商业秘密只是在较小的范围内传播，一般不能适用这种方法。 4、参照许可使用费法 即参照权利人对商业秘密许可他人使用的同等条件下的合理价格确定被害人损失数额的方法。这种方法只在前述三种方法均无法使用的情况下，方可使用。 上述方法依据相关法律规定，有一定先后适用的关系。另外，如果侵权行为给商业秘密权利人造成损失包括给所有人和许可使用商业秘密的人造成的损失，则在计算损失时，应将两部分损失均计算在内。
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